一九七九年美麗島事件與二○○六年紅衫軍反貪腐運動，是臺灣戰後兩場規模、時代條件與政治意義截然不同的公民抗爭。施明德卻在相隔近三十年的兩個歷史現場，都身居「總指揮」的位置。《總指揮的告白》正是他對這兩段歷史、兩次抉擇，以及權力與人性考驗所作的完整自白。

一九七九年，臺灣仍籠罩於白色恐怖之下。施明德組織沒有黨名的反對黨，策畫美麗島人權日活動，事後遭全國通緝，並成為軍法大審中唯一被判處死刑者。面對死亡，他選擇不求饒、不認罪，而將法庭轉化為控訴威權、宣揚民主與人民權利的歷史舞臺。對當年的總指揮而言，最嚴峻的考驗，是能否戰勝對死亡的恐懼。

二○○六年，臺灣已完成政權輪替，施明德卻因執政者的貪腐爭議，再度披上總指揮的戰袍。他號召百萬人民以每人一百元「承諾金」授權反貪，堅持和平、非暴力，要求掌權者接受民主責任政治的檢驗。當紅潮包圍總統府，群眾情緒逼近臨界點，真正的考驗已不再是怕不怕死，而是能否抵抗權力的誘惑。

本書最具歷史重量之處，正是施明德毫不掩飾地剖白：在群眾擁戴與攻占總統府的呼聲中，他也曾感受到支配千軍萬馬的誘惑；但他最終拒絕以崇高目的美化暴力手段。他深知，一旦衝入總統府，反貪運動便可能從「民主之師」變成「政變之軍」，使臺灣跨越內戰邊緣，也毀掉得來不易的民主制度。

全書收錄紅衫軍運動的承諾、誓詞、最後陳述、行動紀錄、財務說明與相關訴訟文字，既是親歷者留下的第一手證言，也是施明德對自己、人民與歷史的答辯。它所追問的，不只是誰在一場政治運動中勝敗，而是一個更深刻的民主命題：當人民擁有足以撼動政權的力量時，領導者能否守住承諾、節制權力，並讓正義的目的經得起正義手段的檢驗？