施明德是唯一一個以無罪之身，被以「宣告判決無效」，無罪離開監獄的政治犯。
1990年施明德第二度出獄，與第一次不同，這次是無罪出獄。
跟他一起搞美麗島事件的革命夥伴們，早在幾年前就陸續接受假釋、特赦出獄。施明德最後得以無罪之身尊嚴地離開監獄的秘訣無他，就是堅持，並抗拒誘惑。
1987年7月25日鄭南榕的《自由時代》雜誌，以封面人物報導施明德拒絕特赦，拒絕減刑的消息。
右上角是施明德當年寫給蔣經國的「拒絕特赦聲明」。 施明德在給蔣經國的信中說，要解除危機，唯有立即實施總統民選、中央民意代表全面改選、市長民選。…..施明德說，蔣經國應該再宣布解除戒嚴時，用特赦宣告所有在戒嚴時期軍法審判的案件無效，讓所有受害人平反，享有一切公民權。這樣才能對國人表現出他的誠意，才能為國家打開祥和的局面。
施明德常說：「承受苦難易，抗拒誘惑難。」
不是抗拒美色的誘惑，而是抗拒自由的誘惑。
各位有想過自由也是一種誘惑嗎？對仍在獄中的施明德來說，自由，就是全世界。
哪一個無期徒刑的囚犯不願付出一切以換取自由之身？
然而對施明德來說，接受假釋與特赦，就是放棄了他對理想的堅持。
他堅信，自己的反抗，是正確的，是無罪的，是站在正義的一邊的，錯的，是當時獨裁的國民黨。
但也沒有必要做到讓自己多關三年吧？
施明德說有的，有這個必要，因為他坐牢是全台灣人在看的，他必須為台灣人的尊嚴受苦，他必須向台灣人宣告，當獨裁成為事實，我們必須反抗，而我們的反抗是正確的！
多次施明德憶起他人生最煎熬的三天，他就會說，那是他決定拒絕假釋的那三天。蔣經國於解嚴前表示要對他進行減刑、假釋，他於是寫了一封信，說「我無罪，何來特赦！我無刑，何來減刑！」。獄卒把那封信退回來給他，要他仔細思考三天，到底要不要拒絕減刑假釋。這三天， 施明德說他猶豫過、哭泣過、痛苦過，他也放棄過，但到最後，咬緊牙關還是他媽的把信送了出去。
現在的我們想想這件事，難道這不就是真正的正義嗎？堅持到底，就算是為了自由，都不願意放棄自己對正義的堅持。
1988年李登輝上台，又傳來要「減刑假釋」。他又寫了一封信給李總統：
1988年5月28日的這一張公文，見證了一位台灣人的骨氣。
當時在總統府工作的焦仁和先生，多年後成為施明德先生的摯友。
『我到底有沒有罪?「美麗島事件」是不是叛亂事件?相信不祇上帝清清楚楚,您心裡一定也十分明白。把我半生歲月囚禁於大牢中,究竟是誰才真有罪?我確信歷史會有公正的 卓裁。此時此刻,您我爭論全無意義。…….至少我還有勇氣和骨氣以抗拒灌食,來拒絕把自己的靈魂賤售給「減刑」!並且絕不向當權者低頭,屈膝、求饒!不過我也完全不記恨貴政府或貴黨。』
『倘若您和您的新政府堅持我「有罪」,您們就應該學習英國首相柴契爾夫人的政治擔當。七、八年前,她就放任北愛爾蘭共和軍桑德士絕食到死亡,一直沒有「強制灌食」。您們命令部屬一再行使暴力,對我強制灌食,以苟延我的生命,是一種極端缺乏政治擔當的行徑,只會使各位「國家領導人」蒙羞。這樣做,不叫尊重生命,是褻瀆人類尊嚴!聖經上說:「人不是只靠麵包而活。」』
就這樣，因為堅持原則，他多坐了3年牢，多絕食了三年，多被插鼻胃管強迫灌食三年。
在這期間，他的大哥詩人、畫家、小說家施明正在外默默地陪他絕食致死，因絕食導致多重器官衰竭死於1988年8月23日，僅五十三歲。
1990年5月21日凌晨以自由之身步出三軍總醫院時，他說「忍耐是不夠的，必須寬恕。」
致李登輝信件全文：
“李總統登輝先生:收信平安。
日前,本人家屬特地從「自立早報」上，剪下一則新聞給我，該項報導說，您在接見台灣區增額國代時，曾表示「極為關心」我抗拒灌食一事，並「希望」我停止絕食。總統先生既然作此表示，我覺得也應該直接向您表明我的「立場」或「感想」。
中華民國行憲以來，共只有四位總統在位。非常「榮幸」地，每位總統都讓我當階下囚。「罪名」也只有一項，即所謂「叛亂」或「造反」。但是，我到底有沒有罪？「美麗島事件」是不是叛亂事件？相信不祇上帝清清楚楚，您心裡一定也十分明白。把我半生歲月囚禁於大牢中，究竟是誰才真有罪？我確信歷史會有公正的卓裁。此時此刻，您我爭論全無意義。
我必須嚴正告訴總統先生的是，我絕食，我抗拒灌食，完全沒有要脅您或您的政府的企圖，更不是在哀求您釋放我。我這樣做，只是在堅守我的原則，維護我的立場和信仰。我認為如果接受了您們所謂的「減刑」，就等於默認自己有罪！更等於變相承認致力於民主運動及追求人權與和平都是有罪和錯誤的。我的行為動機，就是這樣單純和嚴肅。我當然很瞭解，要您和您的新政府平反「美麗島事件」是絕對不可能的。公道總是在百年之後才會到來。儘管大家都知道，遲來的正義不是正義，我也無力恢復正義。但是。至少我還有勇氣和骨氣以抗拒灌食，來拒絕把自己的靈魂賤售給「減刑」！並且絕不向當權者低頭，屈膝、求饒！不過我也完全不記恨貴政府或貴黨。
抗拒灌食以來，如果我還有什麼「感想」要陳述，那就是──
倘若您和您的新政府堅持我「有罪」，您們就應該學習英國首相柴契爾夫人的政治擔當。七、八年前，她就放任北愛爾蘭共和軍桑德士絕食到死亡，一直沒有「強制灌食」。您們命令部屬一再行使暴力，對我強制灌食，以苟延我的生命，是一種極端缺乏政治擔當的行徑，只會使各位「國家領導人」蒙羞。這樣做，不叫尊重生命，是褻瀆人類尊嚴！聖經上說：「人不是只靠麵包而活。」
倘若您們沒有政治擔當，也應該有道德勇氣，毅然面對歷史，給我ㄧ次公正、獨立的審判！要不，就撤銷對我的所謂「減刑」；只要撤銷什麼「減刑」，我會沉默的任由您們囚禁到您們心滿意足，絕不再抗議！
我深信歷史會還我公道 !! 所以，我無求於您。
祝 政躬康泰
施明德上 1988.5.28
桃園宏德新村2-23-39號 施明德”
解除戒嚴時，施明德給蔣經國先生的「拒絕特赦聲明」：
“拒絕特赦聲明
一、由於三十多年來海內外民主人士持續性的犧牲與奉獻，以及國際正義人士的鞭策，國民黨政府終於決定解除「戒嚴令」，以便開啟民主政治的新紀元。作為民主運動的一名小兵，在迎接這個歷史性的喜訊與成果時，類中也滿含欣慰之情！
二、獲悉蔣先生亦將於「解嚴」的同時，行使其復權與特赦之權，本人表示佩服與歡迎。本人認為此舉多少能撫慰「軍法統治時代」的創痛。
三、身為美麗島政團的設計人與執行人之一，以及「一九七九年高雄世界人權紀念大會」的總指揮，本人謹以面對歷史的莊嚴態度，再度重申：「美麗島政團」無罪！本人無罪！鑑於此項信心與堅持，本人決意婉拒蔣先生的特赦，甘願等待歷史法庭的最高及最後的卓裁！
施明德 于一九八七年七月十日 三軍總醫院
（按：本「聲明」於七月十日交給所方危敏，請其立即轉交最高決策單位。）”
1987年7月25日自由時代雜誌182期，第5頁由上方刊出當年施明德拒絕特赦的聲明。
1987年台灣解除戒嚴後，施明德宣稱自己無罪，拒絕特赦或假釋。直到三年後李登輝宣布美麗島事件”罪刑宣告為無效”，他才結束絕食出獄。